Mentre treballen en una avaria subterrània, Mario i el seu germà Luigi, dos llanders de Brooklyn, viatgen per una misteriosa canonada fins a un nou món màgic. Però quan els germans se separen, Mario haurà de mamprendre una èpica missió per a trobar a Luigi. Amb l'ajuda del xampinyó Toad, veí del lloc, i unes quantes nocions de combat de la guerrera en cap del Regne dels Bolets, la princesa Peach, Mario descobreix tot el poder que alberga en el seu interior.